Las 51 Comisiones Municipales Electorales fueron las responsables de implementar los operativos de recepción de paquetes electorales provenientes de las Mesas Directivas de Casilla.
Después de clausurar la casilla, cada Presidente se dirigió a la Comisión Municipal Electoral correspondiente para entregar los dos paquetes electorales. Allí se les extendió un recibo en el que se indicaba el estado que guardaba cada paquete. De inmediato se desprendía el sobre SIPRE y se entregaba al personal encargado de la captura de los resultados preliminares; luego, los paquetes eran almacenados en la bodega de cada Comisión Municipal para su resguardo.
La Comisión Estatal Electoral logró, a través de sus 51 Comisiones Municipales Electorales, la recuperación del 100% de los paquetes electorales.
La Jornada Electoral del 2 de julio de 2006 concluyó sin incidentes.